罕見疾病病友及家屬面對疾病所帶來的困境時，不僅在生理上必須承受莫大的壓力，心理上也必然引發一連串的煎熬，不論病友或家屬都可能經歷震驚、否認、憤怒不平、沮喪無望、接受事實等心路歷程。雖然許多病友及家屬都能發展出因應或自我照顧之道，但有時遇到心情特別低潮，或是遇到難以抉擇的時刻，甚或突發不可預期的危機時，都會希望有人可以陪在身邊，然而，有時心結或心中的秘密無法告訴家人或朋友，「心理服務方案」就是提供心理支持的一種管道。
健全的心靈如同一座發電廠，可以源源不絕的供應病友或家屬面對困難及重新站起來的能量。本會自2006年起辦理「心理服務方案」，經由專業訓練的心理師或協談人員進行口語會談，陪伴並協助病友或家屬釐清情緒和心理上的困擾，為心靈充充電、加加油，一起面對生命裡的大小困境。
2006年起，台北總會聘請對罕見疾病有服務熱忱的心理諮商師，進行個別的會談服務；南部辦事處則聘請台南、高雄區域專業諮商心理師，辦理心理諮商服務；中部辦事處亦與諮商機構合作。 2008年下半年起，開設「傾聽您說服務」，由經過專業訓練的輔導志工，進行電話協談服務，希望成為大家最溫暖的關懷與支持。另外，本會亦舉辦讀書會、園藝班、成長團體及各式心靈工作坊，透過不同的媒介陪伴病友家庭渡過不同人生階段。歡迎有興趣的病友及家屬踴躍參與，一起為健康的心靈努力。
病友諮商經驗分享
