多功能教室共有三間，可獨立使用，也可合併使用。彈性多變化，全區無障礙，且位於園區中心地帶，方便串連到其他專業教室，主要作為病友團體醫療講座聯誼聚會或是罕見職人授課等用途。
罕見家園除配置各種專業教室以進行特殊服務，園區亦具有集會、訓練、教育以及聯誼等功能，為此設置三間「多功能教室」，每一間教室可容納25-30人，三間教室可以單獨運用或是合併使用。教室配備基本影音設備，活動桌椅以及適合輪椅使用的無障礙升降桌，教室後廊道亦有洗手台方便學員使用。
適合辦理各項活動及課程，包含各病類的聯誼活動、醫療講座；各種技藝陶冶或職能培訓課程，如手作香皂或香氛、文創小物；專業人員的知能課程，如罕病知識學習等等；或辦理各式小型專業討論會議等。有鑑於多達40多個罕病病友協會及聯誼會團體，常常因為無適合的場地空間辦理年度大會或是醫療講座等，歡迎各團體前來罕見家園辦理相關課程及講座，並結合鄰近六福村、小人國或是觀光農場等景點，成為一日遊的豐富行程。
多功能教室的彈性與延展性，使罕見家園空間使用擴充性增加，歡迎各界合作使用。在此感謝建高控股陳銘達總裁及馬玉芬賢伉儷共同支持多功能教室，使罕見家園整體運用度更加豐富多元。